在研究基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的過(guò)程中，大家經(jīng)?？吹綐?gòu)建某個(gè)基因啟動(dòng)子的熒光素酶報(bào)告質(zhì)?；蛘哳A(yù)測(cè)與某基因啟動(dòng)子結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子，無(wú)論哪種，首先得查找到某基因的啟動(dòng)子序列。
        能查到啟動(dòng)子序列的網(wǎng)站很多，pubmed，ensemble，UCSC 等等，那我們給大家介紹一下比較簡(jiǎn)單容易上手的查找方式，例如非常強(qiáng)大的NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)如何查找啟動(dòng)子的詳細(xì)介紹，而promoter和TF的結(jié)合通過(guò)什么網(wǎng)站預(yù)測(cè)的呢？

基因啟動(dòng)子序列查找步驟

1.打開(kāi)NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/進(jìn)入首頁(yè)，在①處下拉選擇gene，②處輸入基因名稱(chēng)或ID編號(hào)，點(diǎn)擊Search進(jìn)行查找。

2. 例：基因名稱(chēng)：B4GALT1，物種：human。主要從名稱(chēng)，ID號(hào)，物種，別稱(chēng)等信息確定要查找的基因。

3.選擇點(diǎn)擊目的基因，檢查基因名稱(chēng)及物種是否符合要求。

注意觀察啟動(dòng)子的方向，點(diǎn)擊GenBank；

反向：

正向：

① 若為反向：將數(shù)值較大的數(shù)復(fù)制到

并+1得到新數(shù)值，將數(shù)值較大的數(shù)+2000后填入

，點(diǎn)擊下方Update View即可得到基因的啟動(dòng)子序列。如下圖：

② 若為正向：將數(shù)值較小的數(shù)復(fù)制到

-1得到新數(shù)值，將較小的數(shù)值-2000填入

，點(diǎn)擊下方Update View即可得到基因的啟動(dòng)子序列。

啟動(dòng)子與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)

相關(guān)網(wǎng)站：http://jaspardev.genereg.net/ （2014版）

       http://jaspar.genereg.net/ （2020版）

1. 找出相關(guān)的啟動(dòng)子的序列（方法如上）

2. 進(jìn)入網(wǎng)站http://jaspardev.genereg.net/ （2014版），根據(jù)不同的物種選擇不同的分類(lèi)，如下圖：

3. 以B4GALT1，Mus musculus為例：

選擇JASPAR CORE Vertebrata（脊椎動(dòng)物）進(jìn)入以下頁(yè)面，勾選所有物種為Mus musculus，在右側(cè)的空白框內(nèi)輸入已找到的B4GALT1啟動(dòng)子序列，點(diǎn)擊SCAN。

4. 該啟動(dòng)子與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)的結(jié)果如圖所示：另存為該網(wǎng)頁(yè)，用word文檔打開(kāi)即可。