廣州艾基生物技術(shù)有限公司
Guangzhou IGE Biotechnology Co., Ltd.
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服務(wù)介紹 Service Introduction
長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，LncRNA）是一類長度超過 200 nt ，不編碼蛋白質(zhì)的RNA分子。通過與 DNA、RNA 或蛋白質(zhì)結(jié)合，在表觀遺傳、 轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后等水平調(diào)控基因的表達，從而普遍參與動植物的各種生理學過程。lncRNA 測序是研究已有參考基因組物種的特定組織或細胞在某個特定時期轉(zhuǎn)錄出的所有 lncRNA 和 mRNA，并根據(jù)已知數(shù)據(jù)庫進行詳細注釋。
實驗流程 Experimental Procedures
分析流程 Technical Procedures
樣品要求 Sample Requirements
實驗類型 | RNA總量 | 樣品濃度和純度 | 樣品質(zhì)量 | 樣品保存 | 樣品運輸 | 樣品選擇 |
lncRNA測序 | ≥ 3.0μg | >50 ng/μl，OD260/280 介于 1.8-2.0 之間，無肉眼可見污染 ; | 使用 Agilent Bioanalyzer 儀器檢測，則獲得的總的 RNA 28S：18S >1，RIN>7.0 | 請選擇DEPC 水保存樣品，并在樣品信息單中注明 | 樣品請置于 1.5 ml 管中，并使用封口膜封好，放置足夠的干冰運輸 | 對于細菌和真菌樣品，希望盡量來自于同一個菌株，不要有宿主 DNA 污染 |
實驗周期 Turnaround Time
Illumina Novaseq6000，PE150，45 個自然日，測序量：12 Gb Rawdata。
結(jié)果展示 Overview of Result
全基因組覆蓋度分布圖，每條染色體（scaffold）偏紅色區(qū)域為平均深度高的區(qū)域，偏藍色為低的區(qū)域，沒有覆蓋的區(qū)域為白色。
樣品PCA圖，如果兩個樣本距離越遠，則說明兩個樣本 reads 分布的差異越大。反之，則說明相應(yīng)樣本 reads 整體分布模式越接近。所以，PCA 分析常用于評估樣本重復(fù)性的好壞。
差異基因火山圖，可直觀顯示表達差異顯著性的整體分布情況，能夠得到在不同處理或不同表型的樣品之間表達顯著差異的lncRNA，這些lncRNA對應(yīng)的基因或者靶向的基因可能在不同處理或者不同表型中發(fā)揮功能。
差異基因聚類熱圖，差異基因聚類分析用于判斷基因在不同實驗條件下調(diào)控模式的聚類模式。根據(jù)樣品基因表達譜的相近程度，將基因進行聚類分析，直觀地展示基因在不同樣品（或是不同處理）中的表達情況，由此獲取生物學相關(guān)信息。
差異基因 KEGG 富集通路圖，得到差異表達的lncRNA和mRNA之后。針對lncRNA，對lncRNA靶基因進行GO和KEGG富集分析和蛋白網(wǎng)絡(luò)互作分析；
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