Guangzhou IGE Biotechnology Co., Ltd.
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Service introduction
DNA methylation is an important part of epigenetics, which plays an important role in maintaining normal cell function, genetic imprinting, embryonic development, and human tumor occurrence. Bisulfite treatment can distinguish unmethylated cytosine from methylated cytosine in the genome, and thus has become a classic experimental method in epigenetics research. The bisulfite treatment combined with high-throughput sequencing technology, the sequencing method of bisulfite sequencing, can draw a single-base resolution DNA methylation map. The analysis of the high-precision methylation modification patterns of specific species provides a foundation for the application in the basic mechanism research of cell differentiation, tissue development, and breeding, human health and disease research.
Technical procedures
Sample requirements and experiment cycle
表觀遺傳學(xué)相關(guān)DNA測序樣品要求及周期 | |||||
實驗類型 | 樣品總量 | 樣品濃度 | 樣品純度OD260/280 | 樣品保存 | 實驗周期 |
全基因甲基化測序 | 3 μg 的基因組 DNA | 基因組 DNA 樣品濃度 >100 ng/μl，富集后 DNA 樣品濃度 >5 ng/μl， | OD260/280 介于 1.8-2.0 之間，無肉眼可見污染； | 請選擇乙醇、純水進行保存 | 40-60個工作日 |
簡化基因組甲基化測序 | ≥4 μg DNA | 40-60個工作日 | |||
免疫共沉降測序 | 30 ng 的抗體富集后的 DNA 片段樣品 | 40-50個工作日 | |||
甲基化抗體沉降測序 | 30 ng 的抗體富集后的 DNA 片段樣品 | 40-45個工作日 | |||
Bioinformatics analysis
生物信息學(xué)分析 | |||
全基因組甲基化測序分析內(nèi)容 | 簡化基因組甲基化測序分析內(nèi)容 | ChIP-seq 測序分析內(nèi)容 | MeIDP-seq 測序分析內(nèi)容 |
數(shù)據(jù)產(chǎn)出總量、C 的測序深度統(tǒng)計、基因組覆蓋度統(tǒng)計 | 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及基本的數(shù)據(jù)質(zhì)控處理 | 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及基本的數(shù)據(jù)質(zhì)控處理 | 原始數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及基本的數(shù)據(jù)質(zhì)控處理 |
與目的物種基因組進行比對 | 測序數(shù)據(jù)與目的物種基因組進行比對 | 通過參考基因組比對確定 Peak 的位置信息 | 與基因組比對（需要客戶提供參考基因組信息） |
鑒定 C 堿基的甲基化狀態(tài)及在基因組上的分布 | 胞嘧啶 C 的測序深度統(tǒng)計 | Peak 的數(shù)量及長度，以及富集度統(tǒng)計 | 基因組上檢測到的甲基化區(qū)域統(tǒng)計 |
統(tǒng)計各染色體所有 5mC 的數(shù)量、位置及甲基化水平 | Promoter 和 CpG 島上覆蓋度及甲基化分析 | 基因組上不用功能區(qū)域 Peak 分布統(tǒng)計 | 每個樣品檢測到的甲基化區(qū)域的分布情況（在重復(fù)區(qū)域、基因區(qū)、基因間區(qū)的分布） |
統(tǒng)計各同基因功能區(qū)域內(nèi) 5mC 中 CpG、CHG、CHH 所占的比例及甲基化水平 | 鑒定胞嘧啶 C 堿基的甲基化狀態(tài)及在基因組上的分布 | 多個樣品間 Peak 及相關(guān)基因的差異分析 | 提供與樣本甲基化區(qū)域相關(guān)的基因列表 |
CpG、CHG、CHH 中 5mC 附近的 6 bp 序列的特征分析 | Peak 相關(guān)基因 GO 顯著性富集分析 | 兩個樣本間甲基化區(qū)域相關(guān)差異統(tǒng)計 | |
多樣品間的差異性甲基化區(qū)域（DMR）預(yù)測 | 2 個以上樣本差異分析 | ||
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